La gran ventaja estratégica de la UAM-X radica en su modelo educativo, piedra fundacional, que permitió el despegue de la Unidad y convocó a muchos académicos a participar en la construcción de un nuevo espacio Universitario.
De acuerdo con sus antecedentes, la Unidad Xochimilco se planteó la tarea de redefinir el papel de la educación superior al vincular el proceso de enseñanza-aprendizaje con problemáticas de la realidad socialmente definidas, buscando asimismo establecer nuevas relaciones entre los elementos fundamentales de la educación y las tareas universitarias de generación, transmisión, aplicación y difusión del conocimiento con objeto de socializarlo; esta articulación requirió de nuevas relaciones entre los sujetos y de éstos con el todo social, también acercó a las ciencias y las humanidades, la cultura general y la especialización, la teoría y la práctica, la técnica y el arte.
Las relaciones de la universidad con la sociedad tienen una orientación precisa, comprometida con las clases mayoritarias de la Nación, entendidas en el amplio marco de las fuerzas del cambio democrático y cultural.
En suma, la Unidad Xochimilco de la Universidad Autónoma Metropolitana es un complejo sistema de integración en diferentes planos de la organización académica que redefinió el papel social de la educación superior.
En primer lugar se superó la clásica enseñanza por disciplinas, lo que implicó la creación de unidades basadas en un objeto e interrogantes sobre el mismo, donde se conjugan diversas ciencias y técnicas para dar respuestas científicas. En segundo lugar, la comprensión de que la Universidad es un centro de producción de conocimientos y que tiene la obligación de preservar cualquier manifestación cultural del pensamiento, tomando en cuenta las fuerzas sociales determinantes de las formas en que se expresa la creación científica y cultural. Y en tercer lugar, la pedagogía que considera que el estudiante es el artífice de su propia formación.
EL Sistema Modular, el pensamiento crítico y la enseñanza por investigación.
El sistema modular utiliza como herramienta formativa esencial a la investigación. La afinidad entre las líneas de investigación del docente y los módulos en los que participa, permite que los alumnos se apropien de los métodos que utilizan las ciencias, las artes, las humanidades, en fin, todas las disciplinas para aproximarse a las interpretaciones de la realidad que subyacen a las leyes científicas.
La realización de proyectos de investigación como estrategia de aprendizaje, en la que el equipo es la unidad mínima de organización, constituye una orientación congruente con el desarrollo del pensamiento crítico, pues genera oportunidades reiteradas para, por un lado, mantener y sustentar las posiciones propias y por otro, valorar las ideas de los otros. Propicia la exploración colectiva del conocimiento y enfrenta a los alumnos a trabajos, preguntas y problemas con soluciones conocidas o verificables, impulsándolos a desarrollar sus propios protocolos de investigación y estimulándolos a que se introduzcan al mundo científico.